Thomas Müller wird am 13. September 1989 in Weilheim in Oberbayern geboren. Sein erster Verein ist der TSV Pähl, mit dem Thomas schon in der F-Jugend Meister wird. Als D-Jugendlicher wechselt er zum FC Bayern München, für den er noch immer spielt. 2007 wird er mit München deutscher Vizemeister in der A-Jugend und besticht durch seine Effizienz: In 26 Punktspielen gelingen ihm 18 Tore. Zu diesem Zeitpunkt ist er längst Nationalspieler: In der U 16 kommt er auf sechs Einsätze, es folgen weitere in höheren Jahrgängen.

Ab 2008 gehört er zunächst dem Kader der Reserve an, die in der 3. Liga spielt. Schon bei seinem Debüt gegen Unterhaching schießt Müller ein Tor, so dass ihn Jürgen Klinsmann schon am ersten Bundesliga-Spieltag 2008/09 gegen den HSV einwechselt. Müller bleibt zwar im Kader der Reserve und schießt dort 15 Tore, doch ab und zu darf er Profiluft schnuppern. Sogar in der Champions League – und auch da „müllert“ es bei der Premiere gegen Sporting Lissabon. Unter Trainer Louis van Gaal gelingt dem bereits verheirateten Mittelfeldspieler mit Stürmerblut der Durchbruch zum Stammspieler.